La enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) ha causado enormes muertes y pérdidas económicas en todo el mundo en la pandemia actual. Se cree que la proteasa principal (Mpro) del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) es un objetivo farmacológico ideal para tratar la COVID-19. La leupeptina, un inhibidor covalente de amplio espectro de las proteasas de serina, cisteína y treonina, mostró actividad inhibitoria contra Mpro, con un valor de concentración inhibitoria del 50 % (IC50) de 127,2 μM in vitro en nuestro estudio aquí. Además, la leupeptina también puede inhibir el SARS-CoV-2 en células Vero, con valores de concentración efectiva al 50 % (CE50) de 42,34 μM. Más importante aún, varias cepas de Streptomyces que tienen una amplia relación simbiótica con las plantas medicinales pueden producir leupeptina y análogos de leupeptina para regular las proteasas autógenas. La toma de huellas dactilares y la elucidación de estructuras mediante cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) y espectrometría de masas de alta resolución (HRMS), respectivamente, demostraron además que la decocción Qing-Fei-Pai-Du (QFPD), una fórmula de la medicina tradicional china (TCM) para el tratamiento efectivo de COVID-19 durante el período del brote de Wuhan, contiene leupeptina. Todos estos resultados indican que la leupeptina al menos contribuye a la actividad antiviral de la decocción de QFPD contra el SARS-CoV-2. Esto también nos recuerda que debemos prestar atención a los microbiomas en las hierbas de la medicina tradicional china, ya que los estreptomices en el suelo pueden producir leupeptina que luego se infiltrará en la planta medicinal. Proponemos que las plantas, el microbioma y los metabolitos microbianos formen un ecosistema para los componentes efectivos de las hierbas de la MTC. IMPORTANCIA Una fórmula de MTC ha jugado un papel importante en el tratamiento de COVID-19 en China. Sin embargo, el mecanismo de acción de la MTC aún no está claro. En este estudio, identificamos leupeptina, un metabolito producido por actinomyces simbióticos de plantas (PSA), que mostró actividad antiviral tanto en cultivos celulares como en ensayos enzimáticos. Además, la leupeptina encontrada en la decocción de QFPD fue confirmada tanto por huellas dactilares de HPLC como por HRMS. Estos resultados sugieren que la leupeptina probablemente contribuye a la actividad antiviral de la decocción de QFPD contra el SARS-CoV-2. Este resultado nos brinda información importante sobre estudios adicionales del metabolito de PSA y el ecosistema de plantas medicinales para futuras investigaciones de modernización de la medicina tradicional china. un metabolito producido por actinomyces simbióticos de plantas (PSA), que mostró actividad antiviral tanto en cultivos celulares como en ensayos enzimáticos. Además, la leupeptina encontrada en la decocción de QFPD fue confirmada tanto por huellas dactilares de HPLC como por HRMS. Estos resultados sugieren que la leupeptina probablemente contribuye a la actividad antiviral de la decocción de QFPD contra el SARS-CoV-2. Este resultado nos brinda información importante sobre estudios adicionales del metabolito de PSA y el ecosistema de plantas medicinales para futuras investigaciones de modernización de la medicina tradicional china. un metabolito producido por actinomyces simbióticos de plantas (PSA), que mostró actividad antiviral tanto en cultivos celulares como en ensayos enzimáticos. Además, la leupeptina encontrada en la decocción de QFPD fue confirmada tanto por huellas dactilares de HPLC como por HRMS. Estos resultados sugieren que la leupeptina probablemente contribuye a la actividad antiviral de la decocción de QFPD contra el SARS-CoV-2. Este resultado nos brinda información importante sobre estudios adicionales del metabolito de PSA y el ecosistema de plantas medicinales para futuras investigaciones de modernización de la medicina tradicional china